भारत ने आरोपों को बेतुका बताते हुए खारिज कर दिया लेकिन इसे दोनों देशों के संबंधों में काफी तनाव देखने को मिला। कनाडा ने कई बार इसको लेकर भारत को कटघरे में खड़ा किया। वहीं कनाडा में सक्रिय दूसरे खालिस्तानियों, खासतौर से गुरपतवंत पन्नू ने कई बार वीडियो जारी करते हुए निज्जर की हत्या का बदला लेने की भी धमकी दी।